Pese a la enorme abundancia de aplicaciones bioinformáticas, los investigadores en Biología molecular, Genética y Biomedicina todavía no han logrado extraer el máximo rendimiento de todo este volumen de información. No obstante, el acceso a estos datos, probablemente, aceleraría sus proyectos sustancialmente, permitiendo la búsqueda de candidatos para realizar ensayos en los laboratorios con mayor éxito. Precisamente para subsanar este vacío, este libro está pensado, para mostrar los recursos genómicos esenciales, haciendo hincapié, en primer lugar, en sus funcionalidades y los servicios que pueden ofrecernos. En el interior de cada sección, sin embargo, quienes deseen profundizar en el diseño de estas aplicaciones podrán acceder a los principios básicos que conforman su arquitectura fundamental. Este libro trata, principalmente, de explicar qué es la Genómica computacional, cómo pueden emplearse los navegadores genómicos, de qué modo es más apropiado comparar dos o más secuencias biológicas y cuáles son las técnicas de detección computacional de los genes y otros elementos funcionales codificados en el genoma.
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- Índice general
- Introducción
- Objetivos
- Capítulo I. Navegadores genómicos
- 1.1. Conceptos básicos
- 1.2 Filosofía de la navegación genómica
- 1.3. El navegador genómico UCSC: estructura
- 1.4. El navegador genómico UCSC: pistas
- 1.5. El navegador genómico UCSC: anotaciones propias
- 1.6. El navegador genómico UCSC: ENCODE
- 1.7. El navegador genómico UCSC: navegador de tablas
- 1.8. El navegador genómico: instalación local
- 1.9. El navegador genómico ENSEMBL
- 1.10. La aplicación GALAXY
- Capítulo II. Comparaciones de secuencias
- 2.1. Alfabetos, secuencias y alineamientos
- 2.2. Interpretación biológica de los alineamientos
- 2.3. Alineamientos globales o locales
- 2.4. Alineamientos simples o múltiples
- 2.5. Matrices de puntos
- 2.6. Alineamientos óptimos de secuencias
- 2.7. Alineamientos progresivos de secuencias
- 2.8. Identificación de motivos conservados
- 2.9. Búsquedas masivas en bases de datos
- 2.10. Alineamientos de genomas
- Capítulo III. Anotación de genomas
- 3.1. Anotación del paisaje genómico
- 3.2. Modelos computacionales de señales y regiones
- 3.3. Arquitectura de los genes y sus regiones reguladoras
- 3.4. Predicción de genes ab initio
- 3.5. Predicción de genes por homología
- 3.6. Caracterización de regiones reguladoras
- 3.7. Impronta evolutiva de regiones reguladoras
- 3.8. Evaluación de las predicciones
- Resumen
- Actividades
- Ejercicios de autoevaluación
- Solucionario
- Bibliografía
- Índice alfabético
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