De origen judeoconverso, fue hijo del librero y editor madrileño Alonso Pérez, que descendía de conversos y era editor de Lope de Vega por privilegio especial del Fénix; se hizo discípulo predilecto y amigo suyo y, a su muerte, escribió la primera de sus biografías, la Fama póstuma, 1636, que esconde los pecadillos del genio. Gracias a Lope pudo estrenar ya una comedia a los diecisiete años. Montalbán obtuvo el grado de bachiller en 1620 y se doctoró después en Teología en Alcalá de Henares; en 1624 publicó el poema anticulterano Orfeo en lengua castellana, en respuesta al Orfeo de Juan de Jáuregui y la colección de novelas cortas Sucesos y prodigios de amor; tomó estado eclesiástico en 1625 ingresando en la Congregación de San Pedro de Clérigos de Madrid. Fue luego notario de la Inquisición; su obra más conocida es el Para todos (1632), colección miscelánea de novelas cortas, piezas dramáticas, discursos y versos que desató las iras de Francisco de Quevedo a causa de la pretenciosidad y amoralidad de algunos de sus contenidos, pero también porque le tenía mucha inquina acumulada a su padre el librero; el caso es que le zahirió sin piedad en su Perinola; Juan Pérez de Montalbán llegó a escribir medio centenar de piezas dramáticas, algunas de ellas grandes éxitos, tales Como padre y como rey (1629) entre otras muchas. Acumuló una extensa cultura y murió tras padecer un trastorno mental a los treinta y seis años, cuando se hallaba preparando la edición de la primera parte de sus comedias. Dejó inconclusa una segunda parte del Para todos y un Arte de bien morir, así como una novela que había prometido, La Prodigiosa vida de Malhagas el embustero, que no llegó a imprimirse. Fue sepultado en la parroquia de San Miguel y diversos ingenios le dedicaron recuerdos en Lágrimas panegíricas, Madrid: imprenta del Reino, 1639.